Полимеразная цепная реакция (ПЦР, Polymerase chain reaction, PCR) – метод молекулярной биологии, позволяющий многократно увеличить малое количество определенных фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК/РНК) в биологическом материале. Открытие ПЦР стало важным событием в развитии молекулярной биологии за последние 20 лет.
В настоящее время известно огромное количество всевозможных инфекционных заболеваний человека. Возбудители этих инфекций настолько быстро эволюционируют и легко приспосабливаются к изменяющимся условиям среды, что диагностировать их становится все сложнее. Именно поэтому наряду с традиционными морфологическими, бактериологическими, иммунологическими, биохимическими методиками медики применяют метод ПЦР-анализа. На сегодняшний день - это идеальный метод для диагностики скрыто, бессимптомно и хронически протекающих инфекций. В частности, к таким инфекциям относятся и практически все ИППП — инфекции, передаваемые половым путем. ПЦР - диагностика эффективна для обнаружения микроорганизмов трудно выявляемых в лабораторных условиях, атипичных форм бактерий, внутриклеточных паразитов и микроорганизмов, способных длительно существовать в организме хозяина и вызывать хронические заболевания.
Лабораторные методы диагностики ОРВИ и ГРИППА
В период эпидсезона на базе клинико-диагностической лаборатории Центра профессиональной патологии проводятся лабораторные исследования на грипп и ОРВИ методом ПЦР - диагностики.
Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) – является наиболее современным, высокочувствительным методом, который основан на многократном копировании участка ДНК возбудителя или микроорганизма.
Исследуемый материал: мазки из носа и зева, смывы с бронхов, БАЛ взятые в первые 3 дня и не позднее 5 дня болезни, аутопсийный материал.
Определяемые возбудители:
- вирусы Гриппа типа А, в случае положительного результата с последующей идентификацией субтипа - A/H1N1 – свиной, A/H3N2 – гонконгский, A/H5N1 - птичий
- вирус Грипп В ОРВИ: - вирусы Парагриппа 1, 2, 3, 4 типов; аденовирус, РС-вирус, риновирус, метапневмовирус, коронаровирус, бокаровирус. На сегодняшний день возбудителем, вызывающим острое вирусное заболевание - является вирус гриппа типа A/H3N2 (гонконгский)
Заболевания, передающиеся половым путем (ЗППП), опасны тем, что их последствия негативно влияют не только на самочувствие женщины, но и на здоровье ее будущих детей.
Выбор клинического материала для исследования определяется наиболее вероятным местом локализации возбудителя. Взятие биологического материала, по возможности, должно проводиться в период обострения инфекции. При незащищенном половом контакте инфицирование происходит чаще всего, в этом случае анализ лучше всего провести по истечении 24 часов после полового акта. Количество материала, забираемого для исследования, не должно быть избыточным, т.к. вместе с возбудителем в пробу попадают вещества, которые могут ингибировать реакцию или способствовать разрушению ДНК при хранении и транспортировке.
Chlamydia trachomatis (Хламидия) Особенности жизненного цикла Chlamydia trachomatis обуславливают ее низкую иммуногенность, приводят к частому возникновению персистирующей формы инфекции (длительное пребывание возбудителя инфекции в организме человека без клинических патологических проявлений с обострениями инфекционного процесса при определенных условиях), резистентности (устойчивости) к терапии. Поражает органы мочеполовой системы, вызывает заболевание суставов, конъюнктивы, верхних дыхательных путей и др.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Mycoplasma genitalium (Микоплазма гениталиум) Вызывает негонококковый уретрит, простатит, воспалительные заболевания малого таза, патологию беременности и плода, бесплодие у женщин и мужчин, а также перинатальную инфекцию новорожденных.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Mycoplasma hominis (Микоплазма хоминис) Вызывает негонококковые уретриты, простатиты, воспалительные заболевания матки и придатков, пиелонефрит.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Neisseria gonorrhoeae (Гонококк) Гонорея относится к “классическим” заболеваниям, передающимся половым путем (венерическим болезням). При этом заболевании возможно поражение мочеиспускательного канала (уретры), прямой кишки, глотки, шейки матки и глаз.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Trichomonas vaginalis (Трихомонада) Трихомониаз является одним из наиболее распространенных венерических заболеваний. У женщин поражается влагалище, у мужчин – мочеиспускательный канал и предстательная железа.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Toxoplasma gondii (Токсоплазма) Токсоплазмоз является одной из так называемых TORCH-инфекций (перевод первых букв латинских названий инфекций: токсоплазма, краснуха, цитомегаловирус, герпес), являющихся опасными для плода.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Ureaplasma spp. Нередко их выявляют у здоровых людей, но при определенных условиях способны вызвать ряд заболеваний (уретриты, цервициты, вагиниты, спонтанные аборты, преждевременные роды и др.) и негативных последствий (мужское и женское бесплодие).
Срок выполнения: 2-3 дня.
Gardnerella vaginalis (Гарднерелла) Одна из причин бактериального вагиноза.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Candida albicans (Кандида) Вызывает грибковую инфекцию, называемую кандидозом - заболевания слизистых оболочек, кожи, внутренних органов. Может протекать в виде следующих форм: кандидоз гладкой кожи и ее придатков (дерматиты), кандидоз слизистой полости рта (кандидозный стоматит, глоссит), урогенитальный кандидоз (баланитом в сочетании с уретритом у мужчин, кандидозный вульвовагинит), висцеральный кандидоз (кандидоз желудка, кишечника), хронический генерализованный кандидоз.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Оценка биоценоза влагалища - В результате бактериального вагиноза изменяется биоценоз влагалища. Это приводит к снижению защитных свойств и высокому проценту развития воспалительных процессов, а, главное, к упорной персистенции (длительное пребывание возбудителя инфекции в организме человека без клинических патологических проявлений с обострениями инфекционного процесса при определенных условиях) не смотря на проводимое лечение это с одной стороны, а с другой – нарушение взаимоотношений между нормофлорой и условно-патогенными возбудителями само по себе дает развитие клинических симптомов и жалоб, которых зачастую носят упорных характер.
Показатели оценки биоценоза влагалища:
Ø количество нормофлоры (Lactobacterium spp.),
Ø факультативные анаэробы (Enterobacteraceae, Streptooccus spp, и Staphylococcus spp.),
Ø анаэробы ( Gardnerella vaginalis/ Prevotella bivia/ Porphyromonas spp.; Atopobium vaginae; Eubacterium spp.; Sneathia spp./Leptotrichia spp. Fusobacterium spp.; Megasphera spp. / Veilonella spp./ Dialister spp.; Lachnobacterium spp./ Clostridium spp.; Mobiluncus spp./ Corynebacterium spp.; Peptostreptococcus spp.),
Ø Mycoplasma hominis,
Ø Ureaplasma spp.,
Ø Candida spp.
Срок выполнения: 2-3 дня.
HPV (вирус папилломы человека - ВПЧ) Широко распространенная и очень вариабельная группа вирусов, обладающих онкогенным потенциалом. ВПЧ передается только при тесном контакте с инфицированным или пораженным эпителием. Клетками-мишенями для этого вируса являются эпителиальные клетки кожи и слизистых оболочек. ВПЧ образуют группу аногенитальных типов вируса, которые передаются при половом контакте или новорожденному от инфицированной матери при прохождении через родовые пути. Генитальные вирусы, ответственные за такие заболевания как рецидивирующий папилломатоз гортани у новорожденных, кондиломатоз половых органов, относят к группе низкого канцерогенного риска - НКР (6,11,30,42,43,44 и другие типы). Вирусы, ответственные за раковые заболевания шейки матки, вульвы, полового члена, заднего прохода, составляют группу высокого канцерогенного риска – ВКР (16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,66 и 68 типы).
Срок выполнения: 2-3 дня.
Герпесвирусные инфекции,
Герпесвирусы большая семья ДНК-содержащих вирусов. Они вызывают заболевания человека и животных. Вирусам, вызывающим заболевания человека, присвоена типовая классификация. Имеются восемь типов таких герпесвирусов. Они вызывают разные по тяжести процесса заболевания. Характерной особенностью заболеваний является нахождение вирусов в организме человека в латентном состоянии. Клинические формы герпесвирусных инфекций характеризуются выраженным полиморфизмом. Существуют различные формы проявления герпесвирусных инфекции. В любом случае герпесвирусы остаются в инфицированном организме пожизненно. Вирус может периодически рецидивировать с характерными клиническими проявлениями или бессимптомно, или инфекция приобретает генерализованный характер.
HSV 1,2типа (Вирус простого герпеса 1,2 типа). Имеются две разновидности вируса простого герпеса — ВПГ-1 вызывает лабиальный герпес (герпес на губах) и ВПГ-2 вызывает генитальный герпес. Первичная герпетическая инфекция в период беременности может вызвать внутриутробную инфекцию и инфицирование ребенка во время родов (неонатальный герпес).
Срок выполнения: 2-3 дня.
Cytomegalovirus (Цитомегаловирус) / Вирус герпеса человека 5-го типа/ – Цитомегаловирусная инфекция опасна при заражении матери во время беременности. Заражение цитомегаловирусом может произойти ещё в период внутриутробного развития плода. Необходимым условием заражения плода является вирусемия беременных. Если плод заразился этим вирусом в утробе матери, то это будет врождённая цитомегаловирусная инфекция. У таких детей может быть желтуха, увеличиваются печень и селезёнка, могут быть тяжёлые врождённые пороки, иногда несовместимые с жизнью. Инфекция может протекать и бессимптомно, но у 5-25% таких детей в последующие несколько лет может наблюдаться снижение слуха, нарушения психики, могут появиться аномалии глаз. Если ребёнок заражается во время или через небольшой промежуток времени после рождения, то он плохо прибавляет в весе, у него может развиться гепатит, анемия, появится сыпь. В подростковом возрасте цитомегаловирусная инфекция может проявить себя в виде мононуклеоза.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Epstein Barr virus (Вирус Эпштейна-Барр) / Вирус герпеса человека 4-го типа/– Вызывает инфекционный мононуклеоз, является одной из причин лимфогранулематоза, причиной лимфомы Беркитта. У многих людей, заражённых вирусом Эпштейна — Барр, болезнь проходит бессимптомно. В настоящее время данному вирусу наряду с другими герпесвирусами приписывается важная роль в формировании опухолевых клеток в организме человека.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Вирус герпеса человека 6-го типа Лимфотропный вирус, у взрослых вызывает синдром хронической усталости.
Вирусные гепатиты
Преимущества использования ПЦР в диагностике вирусных гепатитов:
Ø метод ПЦР позволяет обнаружить возбудителя на ранних сроках после инфицирования. При попадании вируса гепатита в кровь организм начинает формировать иммунный ответ, т.е. антитела появляются через некоторое время. В течение этого времени определить, что человек уже инфицирован можно только поведя исследование крови методом ПЦР на наличие РНК (или ДНК) вируса гепатита. Например, в случае гепатита В разница составляет 3-5 недель, гепатита С — 6-12 недель. Это важно при обследовании контактных лиц;
Ø ДНК гепатита В представляет собой фрагменты вирусных частиц и присутствует в крови больного в случае активного размножения вируса гепатита. Определение ДНК вируса позволяет исключить (или подтвердить) активную фазу гепатита. При инфицировании больного мутантным вирусом гепатита В выявление ДНК методом ПЦР может стать единственным свидетельством активного инфекционного процесса;
Ø Очень часто острая форма заболевания гепатитом С переходит в хроническую. Гепатит С практически не имеет явных симптомов. Его лечение — это сложный и дорогостоящий процесс. Использование ПЦР позволяет приступать к терапии как можно быстрее;
Ø Отдельно стоит пояснить плюсы определения генотипа вируса гепатита С. Особенностью этого вируса является чрезвычайно высокая неоднородность его генома. Таким образом, выделяют 6 генотипов, пронумерованных от 1 до 6 в порядке их открытия; более 80 субтипов, обозначаемых прописными латинскими буквами (а, b, с и т.д.). Наибольшее распространение в мире имеет генотип 1b. Этот же генотип хуже всего отвечает на противовирусную терапию. В Российской Федерации чаще всего выявляются генотипы 1b и 3а, встречаются также 1а и 2а. Определение генотипа вируса имеет значение при выборе тактики лечения и прогнозе заболевания.
Ø методом ПЦР определяется вирусная нагрузка (концентрация вируса в крови) — анализ, показывающий количество вируса в плазме крови. Измеряется в ME/мл и копии/мл. Данный тест используется при оценке эффективности лечения, так как не существует прямой связи между вирусной нагрузкой и тяжестью поражения печени, то нет возможности дать оценку проводимой противовирусной терапии другими лабораторными исследованиями. Например, курс терапии гепатита С составляет 48 недель. Уже на 12-ой врач может оценить его эффективность.
Срок выполнения: 2-3 дня.
Взятие биологического материала должно производиться строго до начала применения антибактериальных и химиотерапевтических препаратов или не ранее чем через 10-14 дней после их отмены.
Кровь
Сдавать натощак.
Моча
Следует забирать первую порцию утренней мочи в количестве 20-30 мл в специальный сухой стерильный флакон на 50 мл.
Доставка в лабораторию осуществляется в тот же день в течение 2- 3 часов.
Мазок для женщин
Не проводится взятие биологического материала во время менструации; накануне обследования нельзя проводить спринцевание.
Мазок из уретры
Перед исследованием воздержаться от мочеиспускания в течение 1,5-2 часов.
Сперма
Получение спермы следует осуществлять в специальный сухой стерильный флакон на 50 мл.
Мазок из носоглотки
Взятие мазка проводится натощак или не ранее, чем через 2-4 часа после еды.